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WGBS：全基因】组甲基化测序

阅读 : 12

时间 : 2024年03月07日

技术简介

DNA methylation（DNA甲基化）是指在甲基化转移酶的作用下，DNA的CG双核苷酸ξ的胞嘧啶被选择性的添加甲基，形成5-甲基胞嘧啶，哺乳动物细胞中甲基化主要发生在CG双核苷酸的胞嘧啶〓上，植物细胞中则存在很大比例的non-CG（CHH、CHG，H代表A、C、T）甲基化。DNA甲基化ξ　能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。异常的DNA甲基化会导致发育◥异常、肿瘤等疾病的发生。因此，DNA甲基化的研究对于深入理解基因表达、个体发育以及疾病的发生、发展机制都具▓有重要意义。

重亚硫酸盐（Bisulfite）处理能够将未甲基化修饰的C碱基将被转化为U，而甲基化修饰C碱基将保持不变，因此←成为表观遗传学研究的经典实验方法。WGBS（Whole Genome Bisulfite Sequencing，全基因组甲基化↓测序）将Bisulfite处理与高通量测序技术相结合，能够绘制单碱基分辨率的DNA甲ζ基化图谱，可用于研究物∴种特定DNA区域甲基化与特定表型之间的关联。

WGBS实验原理

人们开发了多种方法来测♂定样本中的DNA甲基化水平。全基因组重︼亚硫酸氢盐测序WGBS（Whole Genome Bisulfite Sequencing）被视为是检测⌒甲基化水平的“金标准”，其原理是用』亚硫酸氢钠（Sodium Bisulfite）处理，将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，经过PCR扩增〓后变成T，与原本具有︽甲基化修饰的C碱基区分开来，再结合高通量测序，与∏参考序列比对，即可判断CpG/CHG/CHH（H为A或C或T）位点是否发生甲基化。

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技术流程及路线

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技术应用

全基因组甲基化图谱课题
标志物筛选课题
小规模研究课题

技术优势

1) 应用范围广：适用于所有参考基因组♀已知物种的甲基化研究；

2) 全基因组覆盖：最大限度地〓获取完整的全基因组甲基化信息，精确绘制甲基№化图谱；

3) 单碱基分辨率：可精确分析每一个C碱基的〖甲基化状态

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上一主题 : HiChIP：一种解析染色质构象的方¤法。

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